ישנה חפיפה בין אלופסיה אראטה והפרעות אחרות במערכת החיסון, כגון נזלת כרונית, אסטמה, דלקת בלוטת המגן, מחלת אדיסון ובהקת. כמו כן מקשרים עם אנמיה ממאירה וחולשת השרירים.
חולים באלופסיה אראטה גם נוטים יותר לתגובות אלרגיות ואקזמה, המתבטאות בעור יבש ו/או אסטמה.

השיערות באף מאפשרות הגנה מסויימת על ידי ניקיון חלקים גדולים של חלקיקים (גרגירים) מהאוויר. חלקי אבקה ואבק מוסרים מהאוויר על ידי מנגנון זה, בצורה סבילה, פשוט על ידי התנגשות. חלק גדול מהחלקיקים הללו מוסר על ידי מנגנונים אחרים. באופן תיאורטי, היעדר שיערות האף יאפשר כניסת גורמים לא רצויים לגוף, אבל לגוף יש המון הגנות נוספות הנושאות בנטל.
רוב החולים אינם מרגישים בהיעדרות השיערות מהאף. חלק מהחולים מפתחים, בשל היעדרות השיערות, חוש חד יותר לריח. ריחות חזקים גורמים להתעטשויות. היעדר השיערות מפעיל מנגנונים נוספים בגוף ולכן יחוו חלק גדול מהחולים נזלת כרונית ועוד.

הפרעות במערכת החיסונית קורות כאשר המערכת החיסונית מזהה חלקים מהגוף שלנו כזרים (פולשים פוטנציאלים). בקבוצת המחלות האוטו-אימוניות (Autoimmune), נמצאת זאבת כאשר המערכת החיסונית פועלת נגד חלקים גדולים של רקמות בגוף. במצב בו המערכת החיסונית פועלת נגד חלק מהגוף שלנו, נוטים להיפגע גם בלוטת התריס, בלוטת האדרנלית (יותרת הכליה), הקיבה והלבלב. בדרך כלל הפגיעות באברים אלו קורות כאשר המטרה הראשונית של המערכת היא נגד אברים הקשורים בעור, כליות, מפרקים ושרירים.
לכן זה לא כל כך מפתיע שישנו קשר בין הפרעות של המערכת החיסונית ואלופסיה אראטה, כשהמטרה הראשונית של הפגיעה היא בעור. מבין הפרעות המערכת החיסונית המתקשרות עם אלופסיה אראטה נפוצות ביותר הן בעיות בבלוטת התריס, דלקת בקיבה, אנמיה ממאירה, מחלת אדיסון, בהקת, קנדידה ועוד...

אלופסיה אראטה מקושרת עם הפרעות נוספות, המובילות לשינוי הפיגמנטים בעור. מבין הפרעות אלו נמצאת בהקת (חוסר בפיגמנטים), מחלת אדיסון (יתר צבענות בעור, לעיתים מלווה גם בחלקים ללא פגמנטים - בהרת) ו-Down's syndrome.

היות והריסים מגינים על העין על ידי סינון גורמים זרים, היעדרותם יכולה להוביל לדלקת כרונית בעיניים.
סיבוך נוסף אצל חולים הוא ריבוי חלב בעפעפיים (דלקת העפעפיים), המתבטא בגירוי בעין, צריבה וגירוד. בעיניים מופיעים קווים אדומים.

חלק גדול מהחולים מדווחים על גירוד בעור הקרקפת לפני נשירת השיער. הגירוד הוא כתוצאה משחרור חומר כימי על ידי התאים הלבנים הנלחמים בזקיקי השיער. הגירוד יכול להיווצר גם כתוצאה משילוב גורמים שונים, כגון דלקת עור.
הקרקפת של חולים אלו היא יבשה ומלאת קשקשים. ללא השיער הקרקפת הרבה יותר רגישה לכימיקלים הנמצאים בשמפו ובמרככים. אחרי שרוב השיער נושר, עור הקרקפת יבש ומלא קשקשים. למרות שאין שיער על הראש, מורגשת הקלה לאחר 'חפיפת' הקרקפת בשמפו נגד קשקשים.

ישנם הרבה מאפיינים משותפים לשיער ולצפורניים, שעושים את הציפורניים מטרה מוכרת למחלות. שינויים בציפורניים דווחו אצל כ-66% חולי אלופסיה אראטה. השינויים נעים משינויים מעודנים ועד קיצוניים, מכאלה הכוללים ציפורן בודדת ועד כאלה הכוללים את כל הציפורניים. השינויים יכולים להתבטא בחריצים אורכיים, כתמים וציפורן דקה ובוהקת.
ישנן הרבה תיאוריות המנסות להסביר את השינויים הללו, אבל, עדיין לא נמצאה הוכחה מוחלטת לאף אחת מהן. חלק מאמינים שהשינויים נובעים מחוסר תפקוד של התאים המייצרים את הפרוטאין לציפורן, אחרים חושבים שקרקעית הציפורן נפגעה מפולש דלקתי ויש שחושבים שמדובר בצירוף של גורמים.